Detyrat dhe përgjegjësitë e Divizionit të Auditimit të Brendshëm janë:

• Siguron zbatimin adekuat dhe respektimiin e ligjeve, rregullave,  politikave,  udhëzimeve dhe doracakëve të përcaktuar me legjislacionin në fuqi;
• Siguron    përgatitjen    me kohë  të  propozim-planit  strategjik të auditimit në bazë të vlerësimit të rrezikut;
• Organizon, kryen dhe mbikëqyrë  të  gjitha  aktivitetet  e auditimit të brendshëm për ministrinë dhe dorëzon rezultatet e auditimit,  në  pajtim  me legjislacionin në fuqi;
• Përgatitë  dhe  dorëzon raportet tremujore dhe vjetore për të gjitha aktivitetet e auditimit;
• Përgatitë  dhe  zbaton programin e sigurisë së cilësisë për vlerësimin e brendshëm dhe të jashtëm të funksionit të auditimit të brendshëm;
• Raporton menjëherë tek menaxhmenti i lartë dhe Komiteti i Auditimit, për çdo indikator të aktivitetit të mashtrimit apo korrupsionit, ofron propozime për përmirësimin e gjendjes si dhe nëse menaxhmenti i lartë nuk ndërmerr veprime të duhura, njofton autoritetet tjera kompetente.

 Udhëheqësi i Divizionit të Auditimit të Brendshëm përgaditë dhe dorëzon raporte tremujore dhe vjetore tek menaxhmenti i lartë, Komiteti i Auditimit dhe Njësia Qëndrore për Harmonizimin e Auditimit të Brendshëm.