Njësia e Auditimit të Brendshëm ofron siguri të pavarur dhe objektive për subjektin e sektorit publik për përshtatshmërinë dhe efektivitetin e sistemit të menaxhimit financiar dhe kontrollit, si dhe ofron këshilla për përmirësimin e tij. Ndihmon subjektin për përmbushjen e objektivave duke nxitur qasje sistematike dhe të disiplinuar për vlerësimin dhe përmirësimin e efektivitetit në menaxhimin e rrezikut dhe proceseve të kontrollit të subjektit të sektorit publik.
Detyrat dhe përgjegjësitë e Njësisë së Auditimit të Brendshëm janë si vijon:
Udhëheqësi i Njësisë për Auditim të Brendshëm në aspektin operativ i raporton Ministrit, ndërsa në aspektin administrativ Sekretarit të Përgjithshëm.
Njësia për Auditim të Brendshëm është njësi organizative ekuivalente me divizionin.